Frá og með 1.janúar 2003 verður Ferðamálasjóður lagður niður í núverandi mynd. Frá þeim degi verða eignir og skuldir sjóðsins yfirteknar af ríkissjóði og umboð stjórnar Ferðamálasjóðs fellt niður. Sparisjóður Mýrasýslu hefur haft umsjón með innheimtu og bókhaldi fyrir Ferðamálasjóð og ekkert er því til fyristöðu að svo verði áfram í umboði Byggðastofnunar.
Milli samgöngu-, iðnaðar og fjármálaráðuneytis náðist samkomulag, um að stuðningur við verkefni á sviði ferðaþjónustu verði áfram veittur í formi samstarfs Ferðamálaráðs og Byggðastofnunar. Verkefnin verða annars vegar fjármögnuð með styrkjum af hálfu ferðamálayfirvalda og hins vegar með lánum frá Byggðastofnun. Jafnframt verða aðrar lánastofnanir hvattar til að sinna þessari vaxandi atvinnugrein betur en nú er, enda nauðsynlegt að aðgengi að lánsfjármagni fyrir arðbær fyrirtæki á þessu sviði sé gott. Með þessu breytta fyrirkomulagi er gert ráð fyrir að fjármunir í málaflokknum nýtist betur en verið hefur.

Mikill vöxtur hefur verið í ferðaþjónustunni sem atvinnugrein á síðustu árum. Tekjur af erlendum ferðamönnum voru um 27.498 milljónir kr. árið 1999, en um 37.720 milljónir kr. tveimur árum seinna. Þessi þróun hefur átt sér stað þrátt fyrir að Ferðamálasjóður hafi staðið veikum fótum, en sjóðurinn var rekinn með 67,1 milljón króna tapi á árinu 2001. Því miður náði Ferðamálasjóður aldrei að verða sá styrkur í greininni sem t.d. Fiskveiðasjóður var í sjávarútveginum á sínum tíma. Engu að síður hefur sjóðurinn komið að mörgum mikilvægum verkefnum, svo sem að fjármögnun hótelbyggingar.